Forum archeologii zawodowej - archeologia.org.pl

Blum85

Nie zamierzam nikomu nic udowadniać, nie porównuję się do Paabo był on pionierem badań nad zdegradowanym DNA znam jego publikacje ale nie tylko on izoluje DNA z materiału kostnego. Naukowcy polscy mają w tym temacie sporo do powiedzenia, a wynika to z tego że większość identyfikacji osobniczych w Polsce odbywa się przy zastosowaniu badań DNA, (pionierem w tych badaniach u nas był ośrodek Wrocławski, prof. Dobosz zajmował i zajmuje się z dużymi sukcesami izolacją i analizą zdegradowanego DNA). Dlaczego? Ponieważ w Polsce właściwie nie istnieje Odontologia która np. w Niemczech jest główną metodą identyfikacji osobniczej zwłok przeobrażonych. Nie zajmuje się genetyką neandertalczyków, jakby kolega uważnie czytał moje posty to nie musiałbym się powtarzać. Zajmujemy się identyfikacją osobniczą, badaniami populacyjnymi i genetyką sądową dlatego też mamy doczynienia z bardzo kiepskiej jakości materiałem genetycznym. Wydajemy ekspertyzy z zakresu genetyki sądowej w tym sprawy identyfikacyjne sprzed kilku, kilkudziesięciu lat gdzie materiałem badawczym są szczątki szkieletowe. Często do jednej takiej sprawy wykonujemy kilkadziesiąt izolacji. Ale skoro doświadczenie biegłych sądowych nie przemawia do kolegi nie zamierzam prowadzić krucjaty edukacyjnej. Proszę pamiętać, że genetyka jest bardzo szeroką dziedziną i laboratoria standardowo zajmujące się genetycznymi badaniami klinicznym nie mają doświadczenia w badaniach nad zdegradowanym DNA, z prostej przyczyny nie zajmują się tym na codzień. My w naszej pracy zawodowej stykamy się z bardzo niewielkimi ilościami materiału do badań i z materiałem często wyjątkowo zdegradowanym. Co do kontaminacji to powtórzę jeszcze raz, że można ją wykryć profilując personel, ale jak przypuszczam Pańscy koledzy zajmują się genetyką kliniczną tak więc nie używają zestawów multipleksowych do identyfikacji osobniczej, a zakup zestawu za kilkanaście tysięcy złotych tyko po to aby komuś przebadać kilka próbek raczej nie wchodzi w rachubę. No i jeszcze pozostaje kwestia technologii trzeba posiadać sekwenator z oprogramowaniem HID np. GeneMapper® ID-X 1.0 (Applied Biosystems, USA) a to już jakieś pół miliona złotych tylko po to aby kontrolować kontaminację. Jeszcze nie spotkałem laboratorium klinicznego którego personel byłby sprofilowany jedynie laboratoria medycyny sądowej i laboratoria policyjne profilują swoich pracowników jest to podstawowa procedura od tego zaczyna się prace!!!

Blum85

Co do różnic w badaniach „starożytnego DNA” a „DNA świeżego” pochodzącego z kości podtrzymuję swoją wcześniejszą wypowiedź, że badania te nie różnią się pod względem technologiczny czy mamy doczynienia ze szczątkami sprzed 2000 lat czy sprzed 5 lat to nie ma to znaczenia! Znaczenie natomiast największe mają warunki środowiskowe w jakich szczątki przebywały a przede wszystkim stabilność środowiska. Nacodzień stykamy się ze szczątkami trawionymi w sodzie kaustycznej, rozpuszczanymi, traktowanymi kwasami, zasadami, palonymi, zanieczyszczonymi paliwem lotniczym, ropą, i wszelkimi związkami mającymi utrudnić identyfikację, i zniszczyć DNA.

Uzytkownik

Znów zadam kilka pytań kontrolnych: ile lat miał najstarszy fragment kości lub zęba, z którego udało się Koledze wyizolować fragment DNA? Czy weryfikujecie swoje wyniki w innym niezależnym laboratorium? Jeśli tak, to jaki macie procent zgodności?

Blum85

najstarszy 2500 lat,
niech mi kolega pokaże laboratorium w Polsce które weryfikuje wyniki badań ze zdegradowanym DNA w innym "niezależnym" ośrodku. Przede wszystkim od czego ten ośrodek ma być "niezależny"??? Po to wprowadza się atestacje, systemy kontroli laboratorium, profiluje się pracowników i osoby mające kontakt z materiałem aby można było pracować a nie sprawdzać każdą przebadaną próbkę w innym laboratorium, nie ma takiej potrzeby. A przede wszystkim jest to niewykonalne z wielu względów. Widzę że kolega uparł się na kontaminację i usilnie próbuje udowodnić, że wyniki jakie są uzyskiwane są nią obciążone. Każdy profil jaki jest oznaczany jest porównywany do bazy profili genetycznych osób sprofilowanych. Nauka w tej materii poszła troszkę do przodu od lat 90’ gdzie kontaminacja była powszechna i za bardzo nie było wiadomo jak ją wykryć szczególnie przy sekwencjonowaniu DNA, ale mając do dyspozycji multipleksy STRowe jesteśmy w stanie to kontrolować. Kolejnym narzędziem, które jest niezbędne w tych pracach jest Quantifiler™ Human DNA Quantification Kit jest to zestaw na realtime PCR służący do ustalania całkowitej ilości DNA LUDZKIEGO jest to bardzo ważne ponieważ w izolatach mamy mnóstwo materiału genetycznego ale niekoniecznie pochodzącego od człowieka, a co ważniejsze jesteśmy także w stanie stwierdzić inhibicję reakcji PCR co jest najczęstszą przyczyną braku amplifikacji. W naszych badaniach stwierdzamy, że po izolacji bardzo wiele próbek daje negatywny wynik właśnie dlatego że następuje inhibicja taki materiał należy oczyścić z inhibitorów. Ale niestety kliniczne laboratoria genetyczne nie używają Quantifiler tak więc jak mogą sprawdzić ile DNA ludzkiego maja w izolacie i czy nie mają inhibicji reakcji PCR. Każdy badany materiał powinien być izolowany kilaka razy a uzyskany profil musi być powtarzalny.

Uzytkownik

No dobrze, to ja teraz spróbuję podsumować, czego się podczas naszej wymiany zdań dowiedziałem.

Po pierwsze, profesorowie Henryk Witas i Piotr Węgleński powinni stanąć przed sądem, bo wyrzucają w błoto mnóstwo pieniędzy podatników. Po co wyposażają swoje laboratoria w jakieś kosmiczne śluzy, kontrolę obiegu powietrza i inne zbędne gadżety służące do zmniejszenia ryzyka kontaminacji, jeśli “jest bardzo prosty sposób aby jej uniknąć”? To na pewno międzynarodowy spisek, mafia paleogenetyków, którzy wyolbrzymiają ryzyko kontaminacji, żeby wyłudzać granty. Jak to się mogło stać, że nikt ich do tej pory nie zdemaskował?

Po drugie, widzę, że kiedyś była Polska Szkoła Antropologii, teraz jest Polska Szkoła Paleogenetyki. Cóż, można ignorować literaturę przedmiotu, ja jestem zwykłym użytkownikiem, więc nie będę pouczał praktyka. Chciałby jednak zauważyć, że autorzy artykułów publikowanych w recenzowanych czasopismach potrafią sprawdzać swoje wyniki w niezależnym laboratorium, nie jest to dla nich niewykonalne. Podejrzewam nawet, że gdyby nie potrafili, to nie byliby autorami artykułów publikowanych w recenzowanych czasopismach, tylko autorami artykułów. Jeśli ktoś nie wierzy, oto losowo wybrany świeży przykład: Am J Phys Anthropol 137:14–29, 2008.

Może to nie jest jasne, więc podkreślam: ja tutaj dyskutuję o paleogenetyce, nie o genetyce sądowej. Do takiego zawężenia dyskusji skłania mnie tytuł tego wątku.

Blum85

Śluzy i filtry są podstawowym wyposażeniem laboratorium skoro ktoś prowadzi takie badania powinien je mieć od dawna. Widzę że nie ma sensu z kolegą dyskutować bo kolega już wszystko wie. Jeżeli kolega nie widzi podobieństw pomiędzy paleogenetyką a genetyką sądową to ja nie zamierzam absolutnie przekonywać ze popełnia błąd. pozdrawiam

Uzytkownik

Zgadzam się, że dalsza dyskusja ma niewielki sens. Literatura przedmiotu jest dostępna, każdy może do niej zajrzeć i dowiedzieć się, jak wygląda standard prowadzenia badań i publikowania wyników. Również pozdrawiam.

Blum85

Zaczynam się zastanawiać co kolega próbuje udowodnić? Widzę, że dla kolegi badania DNA jądrowego i mitochondrialnego to to samo i może dlatego się nie rozumiemy. Ja mówię o STRach a kolega o sekwencjonowaniu, chyba się nie zrozumieliśmy. Przytoczony przez kolegę artykuł przedstawia badania DNA mitochondrialnego a ja mówię o badaniu DNA jądrowego. Przy sekwencjonowaniu bardzo trudno ujawnić kontaminację dlatego te badania są obciążone dużym zagrożeniem. Natomiast przy badaniach DNA jądrowego tak jak już kilkukrotnie pisałem są sposoby na uniknięcie kontaminacji i jej wykrycie. Procedury które stosujemy są procedurami stosowanymi w badaniach sądowych gdzie badania decydują o czyimś losie. Badania te mają olbrzymią moc dowodową a procedury stosowane są opracowane przez FBI i Interpol, chyba nie sądzi kolega że mogą one być niedokładne i mogą dopuszczać możliwość kontaminacji? Przedstawia kolega standardowe procedury i wyposażenia laboratoriów genetycznych jakby to były technologie z przyszłości. A tymczasem jest to STANDARD!!! Sądzę, że warto czasem rozejrzeć się dookoła i nie wyważać otwartych drzwi. A co do literatury to śledzimy ją bardzo dokładnie i nie mamy klapek na oczach podchodzimy do tematu bardzo szeroko i staramy się uczyć z doświadczeń innych a nie zamykać się w wąskim kręgu. To z punktu widzenia genetyki jest niezdrowe prowadzi do wynaturzeń to tzw. chów wsobny Smile

. Zaczynam podejrzewać że jest to ogólnie problem polskiej nauki.

Uzytkownik

Blum85

Graham jest znany z badań nad aDNA. ale nie zamierzam teraz prowadzić dyskusji na przerzucanie się publikacjami, nie mam na to czasu, z mojej strony uważam dyskusje za zamkniętą. pozdrawiam

Uzytkownik

Smilodon populator

Pytanie z zupełnie innej beczki: doszły mnie słuchy, że jakiś lab w Poznaniu robi badania dawnego DNA. Czy ktoś może zna szczegóły i mógłby się nimi podzielić?